Le Terre del Mincio custodiscono al loro interno numerosi e significativi scrigni di biodiversità, habitat unici generati dall'armonioso incontro tra la pianura e le acque del fiume, e popolati da specie animali e vegetali rare, a rischio di estinzione oppure protette. Sono due le Riserve Naturali e Siti di importanza comunitaria (SIC) della rete "Natura 2000": le zone umide delle "Valli del Mincio e laghi di Mantova" e la "Vallazza". Una terza riserva, fuori dai confini del Parco ma affidata alla gestione dell'ente Parco, è "Castellaro Lagusello". Un ulteriore sito Natura 2000 è "Chiavica del Moro". La riserva naturale "Valli del Mincio" e la "Vallazza" sono inoltre Zone a Protezione Speciale (ZPS) per significativa presenza di fauna e flora di interesse comunitario. Le Valli del Mincio sono anche destinazione turistica d'eccellenza EDEN (runner up 2009).