Parco del Mincio
Scavi condotti nel 1873 in località Polada, nel territorio di Desenzano del Garda, restituirono una stazione palafitticola dell'Età del Bronzo, da cui ebbe origine il nome di Cultura di Polada. Un insediamento coevo scoperto in località Lavagnone è entrato a far parte dei patrimoni dell'umanità dell'UNESCO.
I resti della Villa romana emersi presso Borgo Regio, lungo l'antica via Gallica, sono databili tra il II e il III secolo: nelle parti di pavimento meglio conservate, le raffigurazioni consistono in scene di caccia, scene di vendemmia e raccolta frutti, e infine croci che raffigurano rami fioriti partenti da crateri. Nei pressi di Desenzano e della Selva Lugana l'imperatore Decio sconfisse Filippo l'Arabo nel 249.
In epoca medievale, Desenzano fu sottoposta al potere del comune di Brescia, grazie all'investitura concessa dall'Imperatore Enrico VI. Nel 1220 il feudo rientrava nella giurisdizione dei Confalonieri che si estendeva a Rivoltella, San Martino, Solferino, Castiglione e Medole.
Nel 1426 la città entrò a far parte della Repubblica di Venezia. Nel corso del XV, complice lo sviluppo economico, furono edificati la parrocchiale dedicata a Santa Maria Maddalena e la dimora dei Gialdi, e fu fortificato il Castello (1480). All'inizio del XVI secolo e per un breve lasso di tempo, Desenzano e Pozzolengo passarono al Ducato di Mantova per ritornare poco dopo alla Serenissima su ordine di Luigi XII di Francia. In questo periodo fu fondata l'Accademia e furono ampliati il porto, la dogana e il magazzino dei cereali.
Durante il primo decennio del XVII secolo si diede ulteriore impulso alla realizzazione di opere pubbliche, come la sistemazione del Castello.
Anche il periodo napoleonico fu caratterizzato da investimenti in opere come il nuovo molo su e il riadattamento a teatro della chiesa dei carmelitani.
Entrato a far parte del Regno Lombardo-Veneto, stato dipendente dell'Impero austriaco (1814), Desenzano fu visitato dall'Imperatore Francesco I d'Austria. In seguito agli eventi del 1848 e del 1849 a cui il comune aderì, nel 1851 l'Imperatore Francesco Giuseppe fece visita alla cittadina desenzanese per rinsaldare la fiducia con la popolazione. Durante la battaglia di Solferino e San Martino nella seconda guerra d'indipendenza italiana, Desenzano divenne un grande ospedale per il soccorso dei feriti. Nel 1959, con decreto del Presidente della Repubblica, ottenne il titolo di Città.
Nel Comune di Desenzano del Garda si trova il Monumento naturale di San Francesco, per effetto della legge regionale n. 11 del 26 maggio 2022 entrato a far parte del Parco regionale del Mincio.
La biodiversità che caratterizza il Monumento naturale di San Francesco è quasi sorprendente in rapporto alla contenuta estensione dell'area. Di particolare valore ecosistemico è la presenza contemporanea dell'ecotono a canneto, della fascia riparia, del sottobosco e della zona a prato. Oltre all'avifauna, è ricca la presenza di ittiofauna ed erpetofauna.
